Im Jahr 2001 wurde die gemeinnützige Stiftung Canisianum gegründet. Ihr Zweck ist die Beschaffung von Mitteln für das Gymnasium Canisianum. Hierbei wird der Stiftungszweck insbesondere durch Unterstützung der besonderen Erziehungsziele des Canisianums verwirklicht. Dabei fokussiert sich die Unterstützung vor allem auf Aktivitäten im Zusammenhang mit der längerfristigen Weiterentwicklung der Schule und ergänzt damit die Arbeit des Fördervereins, der sich primär um die Unterstützung laufender Aktivitäten der Schule bemüht.

Vorstandsvorsitzender der Stiftung ist Dr. Kurt Stoffel und stellv. Vorsitzende sind Christoph Schlütermann und Volker Höring.

Die Stiftung Canisianum arbeitet eng und vertrauensvoll mit dem Träger der Schule, dem Gymnasialverein St. Canisius, und der Schulleitung zusammen.