Das Gymnasium Canisianum ist eine staatlich anerkannte Privatschule in freier Trägerschaft und damit eine „Ersatzschule“ im Sinne des Schulgesetzes von Nordrhein-Westfalen.

Der Gymnasialverein St. Canisius e.V. ist der Träger des Gymnasium Canisianum. Der zentrale Zweck des Gymnasialvereins St. Canisius ist in der Vereinsatzung festgehalten. Dort heißt es in § 2: „Zweck des Vereins ist der Betrieb des Gymnasium Canisianum in Lüdinghausen. Diese ist eine von christlichem Geist getragene Schule, die sich neben der Wissensvermittlung zur Erziehung nach den Maßstäben des christlichen Welt- und Menschenbildes verpflichtet fühlt.“

Der Gymnasialverein St. Canisius verfolgt das Ziel, gemeinsam mit der Schulleitung und dem Schulkollegium das Gymnasium Canisianum mit Blick auf Breite und Qualität seines Schulangebots kontinuierlich weiterzuentwickeln und damit das Profil des Canisianum als attraktives Gymnasium für Lüdinghausen und seine Umgebung zu stärken.

Der Gymnasialverein steht gerade mit Blick auf die Realisierung von Projekten zur Schulentwicklung in engem Austausch sowohl mit der Stiftung Canisianum, die sich in ihrer finanziellen Unterstützung vor allem auf die langfristige Entwicklung fokussiert, als auch mit dem Förderverein des Canisianum, der das Ziel hat, die Umsetzung aktueller Projekte und Themen finanziell zu unterstützen.

Mitglieder des gemeinnützigen Vereins können Personen werden, die durch ihre christliche Grundeinstellung und ihr Interesse an der aktiven Weiterentwicklung des Canisianum Gewähr dafür bieten, dass sie den Zweck des Vereins bejahen und fördern. Die Mitglieder sind ehrenamtlich tätig und erhalten keine Zuwendungen aus den Mitteln des Vereins.

Vertreten wird der Gymnasialverein St. Canisius durch den Vorstand. Vorstandsmitglieder sind Dr. Kurt Stoffel (Vorsitzender), Christoph Schlütermann sowie Volker Höring. Geschäftsführerin des Trägervereins ist Sabine Dieckmann.